１．環境の問題
デスクトップに大きな容量のファイルが多く保管されている。
ファイルが分散されていてデータ転送の速度が遅くなっている。
など、様々な要因が考えられます。
まずは、ディスクの最適化などを行ってみて様子をみてはいかがでしょうか。
ただし、大きな効果は期待薄です。
ディスクの最適化に関してはＷｉｎｄｏｗｓＸＰの場合、
http://allabout.co.jp/computer/windows/closeup/CU20040813A/index.htm
こちらをご参照ください。

２．メモリ容量の問題
購入時には比較的最低限のメモリ容量で販売されている機種が多いように感じます。
ＷｉｎｄｏｗｓＸＰの場合、２５６ＭＢでも動作しますが、推奨は最低５１２ＭＢ以上ではないでしょうか。
特にウイルス対策ソフトをインストールしてある場合には、５１２ＭＢは必須です。
しかし、メモリを増設してもスピードが速くなる保証はありません。
経験的にＰＣの機種や環境によって、その効果が歴然としています。
やってみないとわからないというのが私の意見です。

３．ディスクの容量の問題
ハードディスクの空き容量が少ないと動作が遅くなります。
場合によっては、プリンター印刷が出来ないなどの副作用も生じます。
これは、ハードディスクを一時的にメモリと同じ様に使い（仮想メモリという）データを処理する仕組みがパソコンにはあるからです。
http://allabout.co.jp/computer/windows/closeup/CU20021209A/index.htm
上記サイトを参照にして空き容量を増やしてください。
また、利用しないソフトウエアを「コントロールパナル」「プログラムの追加と削除」を使って消去することで容量を増やせます。
Ｃ以外のドライブが存在した場合のみの対処方法として、マイドキュメントのデータをＣドライブからＤドライブへ移行する方法もあります。データの実体が何処にあるかを確認するには、デスクトップ上にあるマイドキュメントのアイコン上で、右クリックし、プロパティを選択して表示された画面の「ターゲットフォルダの場所」で確認できます。「移動」ボタンでＤドライブを選択します。
移動前にＤドライブに任意のフォルダーを事前に作成しておき、そこへ移動する様にした方がよいでしょう。

４．ディスク転送速度の問題
これってあまりＷｅｂ上では情報が少ないですね。
マイコンピュータのアイコン上で右ボタンクリックし、プロパティを開きます。
「ハードウエア」タブの「デバイスマネージャー」を開きます。
「ＩＤＥ　ＡＴＡ／ＡＴＡＰＩコントローラ」の文字上でダブルクリックし、「プライマリＩＤＥチャネル」をダブルクリックします。
詳細設定のタブを開きデバイス０が
デバイスの種類：自動検出
転送モード：ＤＭＡ（利用可能な場合）
現在の転送モード：ウルトラＤＭＡモード　●　　　（●には数字が表示）
となってますか？
転送モードがＰＩＯになってたらこれが原因です。
ただし、この判断はパソコンの機種環境によって異なりますのでご注意ください。
それで、復旧方法なのですが、ドライバーの削除若しくはリカバリーしかないようです。
レジストリを操作する方法もあると思うのですが、リスクを考えると上記方法が適切でしょう。
ドライバー削除する前に、データのバックアップをお勧めします。
経験上、正常に起動しない場合もありました。ご注意ください。

なぜ、転送モードが勝手に変更されるか原因は不明です。
ハードディスクの物理的故障も原因として考えられます。
リカバリー後いったん正常に戻ったのが、またＰＩＯモードに変わってしまった場合などは、ディスク交換をお勧めします。
この作業は、大変リスクがありますので、十分注意してトライしてください。